Keputusannya itu terbukti sebagai langkah politik yang cerdik.
Ia dengan cepat menaiki tangga politik dan memegang banyak jabatan kementerian.
Pada 1993, ia menjadi wakil Mahathir dan secara luas diharapkan untuk menggantikannya kelak.
Tetapi ketegangan terjadi setelah krisis keuangan Asia tahun 1997, di mana terjadi bentrok karena ekonomi dan korupsi.
Penjara
Pada September 1998, Anwar dipecat dan memimpin protes publik terhadap Mahathir.
Tindakan itu adalah awal dari Reformasi, sebuah gerakan reformasi yang akan mempengaruhi generasi aktivis demokrasi Malaysia.
Anwar ditangkap dan akhirnya didakwa melakukan sodomi dan korupsi, tuduhan yang ia bantah dalam persidangan kontroversial.
Sementara Malaysia yang mayoritas Muslim mengkriminalkan aktivitas homoseksual, dunia memandang kasus yang menimpa Anwar memiliki muatan politik.
Protes kekerasan di jalanan meletus ketika Anwar dipenjara selama enam tahun karena korupsi.
Setahun kemudian dia dijatuhi hukuman sembilan tahun karena sodomi.
Anwar selalu menyatakan bahwa tuduhan itu adalah bagian dari kampanye kotor untuk memecatnya sebagai ancaman politik terhadap Mahathir.
Pada akhir 2004, setahun setelah Mahathir mundur sebagai perdana menteri, Mahkamah Agung Malaysia membatalkan dakwaan sodomi dan membebaskan Anwar dari penjara.
Oposisi Tumbuh, Tuntutan Baru