Keputusan itu dilakukan karena aktivis di masjid itu menghasut kebencian, setelah pembunuhan guru Samuel Paty, yang menunjukkan karikatur Nabi Muhammad di kelasnya.
Pengurus atau aktivis Masjid Agung Pantin, di pinggiran kota berpenghasilan rendah di pinggiran timur laut Paris, memposting video di halaman akun Facebook mereka.
Video itu berisi ujaran kebencian terhadap Samuel Paty, yang kemudian dipenggal di siang hari bolong dekat sekolahnya.
Prancis juga telah menutup dua kantor organisasi amal, Muslim Baraka City dan Collective Against Islamophobia in France (CCIF).
Kedua organisasi itu membantah tuduhan pemerintah mereka membantu atau menyembunyikan hubungan dengan kelompok radikal.
Beberapa hari setelah pembunuhan Samuel Paty, pemerintah menutup dan mengamankan tempat ibadah di Beziers dan Bordeaux, setelah menerima ancaman kekerasan.
Kaum muslim di Prancis kini mengkhawatirkan kebijakan pemerintah akan mencampuradukkan Islam dengan terorisme.
"Muslim menjadi sasaran," kata Yasser Louati, seorang aktivis Muslim Prancis kepada Al Jazeera. Ia yakin Macron menggunakan Islamofobia untuk memperkuat kampanyenya.
Dalam banyak pemberitaan dan fakta dari medan perang di Irak dan Suriah, Prancis tercatat sebagai penyumbang terbanyak warga yang bertempur ke dua negara itu.
Mayoritas imigran atau keturunan imigran penduduk Prancis, yang bergabung ke ISIS atau kelompok-kelompok jaringan Al Qaeda di Suriah dan Irak.
Saat ini lebih dari 50 organisasi Muslim di Prancis menjadi sasaran penyelidikan aparat intelijen dan kepolisian.
Polisi menutup aktivitas kelompok Kolektif Cheikh Yassine. Pendiri kelompok itu, Abdelhakim Sefrioui, ditahan setelah menayangkan video di YouTube yang mengintimidasi Samuel Paty.
Mendagri Gerald Darmanin telah mengusulkan pelarangan Collective Against Islamophobia in France (CCIF), asosiasi yang meneliti kejahatan rasial anti-Muslim.
Darmanin mengecam CCIF sebagai musuh republik, menambahkan CCIF adalah satu di antara beberapa organisasi yang akan dibubarkannya atas permintaan Presiden Macron.