Baca tanpa iklan
Sementara itu, Afrika Selatan meningkat 40 persen, kata Nkengasong.
Dia mengatakan tidak ada bukti bahwa varian baru berkontribusi pada peningkatan penularan di Nigeria.
Tetapi ia memperingatkan bahwa negara tersebut melakukan pengawasan genom yang lebih sedikit daripada Inggris.
CDC Nigeria dan Pusat Keunggulan Afrika untuk Genomik Penyakit Menular di Nigeria akan mempelajari lebih banyak sampel, kata Nkengasong.
"Beri kami waktu ... ini masih sangat awal", katanya, menanggapi pertanyaan tentang varian tersebut.
Penyelidik utama Covid-19 Nigeria baru saja merilis urutan genom dari varian baru tersebut, tambahnya.
CDC Nigeria tidak segera menanggapi komentar atas pernyataan Nkengasong ketika dijangkau oleh Reuters.
"Selama beberapa minggu terakhir, kami mengalami peningkatan besar dalam jumlah sampel ke laboratorium referensi (CDC Nigeria)," tulis direktur jenderal CDC Nigeria Chikwe Ihekweazu lewat Twitter pada hari Kamis.
"Proses itu telah menyebabkan penundaan yang tidak biasa dengan pengujian, tetapi kami bekerja sepanjang waktu."
Nigeria, negara terpadat di Afrika dengan lebih dari 200 juta orang, mencatat lebih sedikit kasus virus corona daripada banyak negara lain di benua itu.
Total kasus merangkak melewati 80.000 pada hari Rabu (23/12/2020).
Kasus yang tercatat harian melebihi 1.000 untuk pertama kalinya bulan ini.
Afrika telah melaporkan lebih dari 2,5 juta kasus virus corona, yang merupakan 3,3% dari kasus global, menurut CDC Afrika.
Varian baru yang menyebar lebih cepat yang terdeteksi Afrika Selatan pada 18 Desember sekarang menjadi varian utama di Nigeria, kata Nkengasong.