Namun pada 2001, virus yang disebarkan oleh burung liar mulai muncul kembali di pasar.

"Jadi saat itulah saya mulai melihat vaksinasi, saya harus memiliki tingkat perlindungan ekstra," kata Dr. Leslie Sims, yang merancang pengendalian flu burung Hong Kong setelah wabah 1997.

Hong Kong melakukan uji coba vaksinasi pada 2002 dan menetapkan bahwa vaksinasi tersebut efektif untuk melindungi ayam dari infeksi dan menghentikan penularannya.

Baca juga: Flu Burung di Kamboja Masuk Disease Outbreak News WHO

Pada 2003, kota tersebut mewajibkan vaksinasi di semua peternakan unggas yang memasok ke Hong Kong.

lebih dari 30 negara telah mengadopsi vaksinasi flu burung untuk unggas.

Keberhasilan telah dicatat dan lebih dari sekadar menghilangkan ancaman terhadap ayam.

Di China, negara yang paling banyak menerapkan vaksinasi, penelitian mengungkapkan bahwa penurunan infeksi unggas juga mengurangi infeksi pada manusia.

Kendati demikian, hingga wabah terbaru, sebagian besar negara terutama pengekspor unggas masih merasa 'ragu untuk mengadopsi upaya vaksinasi' ini.

Ada beberapa alasan yang menjadi penyebabnya, pertama, vaksin menjadi kurang efektif dari waktu ke waktu karena mutasi pada virus.

Misalnya, di Mesir para peneliti menemukan bahwa galur vaksin tidak lagi cocok dengan galur yang beredar. 

Vaksin yang kurang efektif tersebut dapat memberi negara rasa aman yang salah, terutama ketika intervensi lain, seperti tindakan biosekuriti dan pengawasan tidak diterapkan juga.

Kedua, banyak ilmuwan dan regulator khawatir bahwa apa yang disebut 'infeksi tersembunyi' mungkin tetap ada di antara unggas yang divaksinasi dan lolos dari jaring pengaman serta kontrol perbatasan.

Itulah alasan utama industri unggas AS dan Departemen Pertanian AS menolak mengadopsi vaksin, karena takut membahayakan produk unggas dan telur senilai 6 miliar dolar AS yang diekspor AS pada 2022, namun tentangan itu tidak mutlak.

Saat biaya naik, petani mengevaluasi kembali biaya dan manfaat.