Dalam menjatuhkan vonisnya, majelis hakim mempertimbangkan hal-hal yang memberatkan dan meringankan. Yang memberatkan, Fathanah dinilai kontra produktif terhadap tindak pidana korupsi, pernah dihukum sebelum perkara ini, tidak mendukung upaya pemerintah yang sedang gencar memberantas korupsi serta Fathanah telah melakukan lebih dari satu tindak pidana.
"Sementara yang meringankan, terdakwa berlaku sppan selama menjalani persidangan dan masih memiliki tanggungan keluarga," kata anggota majelis hakim, Joko Subagyo.
Dalam vonis pencucian uang terhadap Fathanah, tidak semua majelis hakim bulat mengambil keputusan. Hakim yang mengajukan dissenting opinion adalah anggota majelis hakim 4, I Made Hendra Kusuma dan anggota majelis haki 3, Djoko Subagyo.
Mereka berpendapat jaksa penuntut umum pada KPK tidak berwenang melakukan penuntutan atas perkara TPPU atas tersangka Luthfi Hasan Ishaaq.
Made Hendra menjelaskan, KPK berwenang melakukan penyidikan perkara pencucian uang yang tindak pidana asalnya korupsi sebagaimana diatur dalam Pasal 74 UU Nomor 8 tahun 2010 Tentang Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang.
Namun UU tersebut tidak mengatur penuntut umum yang berwenang melakukan penuntutan atas tindak pidana pencucian uang. Merujuk Pasal 1 butir 13 KUHAP, penuntut umum yang dimaksud merupakan jaksa yang diberi wewenang oleh UU untuk melakukan penuntutan.
"Penuntut umum yang dimaksud hanya di bawah Kejaksaan Agung dan Kejaksaan Tinggi sehingga tidak termasuk KPK. Oleh karena itu hasil penyidikan TPPU harus diserahkan penuntut umum kepada Kejaksaan Negeri setempat," papar Made Hendra.
Sedangkan hakim anggota Djoko Subagyo mengatakan kewenangan penuntutan TPPU harus ditentukan secara eksplisit.
"Penuntut umum KPK tidak punya kewenangan penututan atas TPPU ke pengadilan. Akibat tidak diterimanya TPPU maka surat dakwaan penuntut umum sepanjang mengenai TPPU haruslah dinyatakan tidak dapat diterima," ujarnya.
Menanggapi vonis tersebut, Fathanah dan Pensihat Hukum menyatakan pikir-pikir. Hal serupa juga dinyatakan tim Jaksa KPK yang diketuai Muhibuddin.