Sutopo wafat di Rumah Sakit St Stamford Modern Cancer Hospital, Guangzhou, Tiongkok, saat sedang menjalani pengobatan kanker paru-paru, pada Minggu (7/7/2019) dini hari.
Begitu tiba di Bandara Soekarno Hatta, Jenazah rencananya akan diserahkan langsung Menteri Luar Negeri Retno Marsudi kepada Kepala BNPB, Doni Monardo.
"Bahwa Ibu Menlu rencana mau menyerahkan langsung jenazah almarhum Sutopo kepada Kepala BNPB hari ini di rumah duka di Rafless Hill nanti sekira jam 21.00 WIB," kata Kepala Bidang Humas BNPB, Rita Rosita, Minggu (7/7/2019).