Gerakan 30 September 1965 menyebabkan kebingungan terhadap masyarakat Indonesia, khususnya Jakarta.
Mereka mempertanyakan kemana para petinggi Angkatan Darat tersebut saat G30S berhasil menguasai RRI.
Tidak ada seorangpun yang mengetahui keberadaan mereka.
Pertanyaan lainnya ialah siapa yang mengaku dirinya Dewan Revolusi yang menyiarkan berita tentang Dekrit nomor 1.
Kebingungan yang dirasa masyarakat Indonesia langsung direspon oleh pemerintah.
Mayjen Soeharto sebagai Panglima Kostrad (Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat) setelah menerima laporan serta membuat perkiraan.
Soeharto mengambil kesimpulan para perwira tinggi itu telah diculik dan dibunuh.
Berdasarkan kesimpulannya, Mayjen Soeharto langsung mengambil alih pimpinan Angkatan Darat guna menindak-lanjuti persitiwa Darurat Nasional tersebut.
Langkah penumpasan dimulai pada tanggal 1 Oktober 1965, TNI berusaha menetralisasi pasukan G30S dari kalangan militer yang menduduki Lapangan Merdeka (Batalyon 454 dan 530).
Selanjutnya, Mayjen Soeharto menugaskan kepada Kolonel Sarwo Edhi Wibowo untuk merebut kembali gedung RRI dan Pusat Telekomunikasi.
Tugas tersebut selesai dalam waktu singkat dan tanpa pertumpahan darah.
Setelah berhasil merebut kembali RRI dan Pusat Telekomunikasi, pada jam 20.00 WIB Soeharto mengumumkan telah terjadi percobaan kudeta oleh Gerakan 30 September.
Soeharto juga mengumumkan Presiden Soekarno dan Menko Hankam/KASAB Jenderal A.H. Nasution dalam keadaan selamat.
Baca juga: Daftar 7 Pahlawan Revolusi Korban Pengkhianatan G30S, Profil Singkat hingga Karier
Operasi penumpasan berlanjut ke kawasan Halim Perdanakusuma pada 2 Oktober 1965, tempat pasukan G30S mengundurkan diri dari kawasan Monas Kawasan.