Dia pernah ditahan sebanyak dua kali terkait kasus yang sama.

Pertama kasus terorisme dilakukan pada Januari 1979 terkait teror Warman.

Kedua, dia ditahan atas kasus bom di Jawa Timur dan Borobudur pada awal tahun 1985.

"Secara historis, pendiri gerakan ini sangat dekat dengan kelompok radikal seperti NII (Negara Islam Indonesia), MMI (Majelis Mujahidin Indonesia) dan memiliki rekam jejak dalam kasus terorisme," kata Direktur Pencegahan BNPT, Brigjen R Ahmad Nurwakhid dalam keterangannya, Selasa (31/5/2022) lalu. 

Nurwakhid mengungkapkan bahwa genealogi Khilafatul Muslimin itu sendiri sejatinya tidak bisa dilepaskan dari NII.

Sebab sebagian besar tokoh kunci dalam gerakan tersebut merupakan mantan NII.

"Pendiri dan pemimpinnya adalah Abdul Qadir Hasan Baraja mantan anggota NII sekaligus salah satu pendiri Pondok Pesantren Al Mukmin Ngruki bersama Abu Bakar Baasir (ABB) dan lainya, serta ikut ambil bagian dalam Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) tahun 2000," ungkap Nurwakhid. 

Kelompok ini diduga melanggar Undang-Undang tentang organisasi masyarakat dan juga Undang-Undang nomor 1 tahun 1946 yang dapat menimbulkan keonaran.