Latar belakang pendidikan Azyumardi Azra amat beragam.
Mulanya, Azyumardi Azra tidak berobsesi atau bercita-cita menggeluti studi keislaman.
Sebab, dia lebih berniat memasuki bidang pendidikan umum di IKIP.
Akan tetapi, setelah sang ayah mendesak, Azyumardi Azra masuk ke IAIN sehingga kini dikenal sebagai tokoh intelektual Islam Indonesia.
Seusai lulus dari Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Jakarta (kini UIN Syarif Hidayatullah Jakarta), Azyumardi Azra melanjutkan pendidikannya ke Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah di Universitas Columbia.
Pendidikan itu mendapat bantuan dari beasiswa Fullbright pada 1988.
Setahun kemudian, Azyumardi Azra pun memperoleh beasiswa Columbia President Fellowship sehingga berkesempatan untuk belajar di fakultas sejarah pada universitas yang sama.
Azyumardi Azra juga mendapatkan gelar master filosofi dari Universitas Columbia pada tahun 1992.
Selain itu, gelar doktor filosofi juga telah didapatkan melalui disertasi yang berjudul The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama ini the Seventeenth and Eighteenth Centuries.
Disertasi itu telah dipublikasikan di Canberra, Australia, Honolulu, Hawaii, AS, serta Leiden di Belanda.
Sekembali ke Indonesia dan mendirikan jurnal Indonesia yang bernama Studia Islamika, Azyumardi Azra masih sempat berkunjung ke Southeast Asian Studies pada Oxford Centre for Islamic Studies dan menjadi pengajar di St. Anthony College.
Azyumardi Azra menikah dengan Ipah Farihah dan mempunyai empat orang anak.
Sebagian artikel tayang di Sripoku: Profil Azyumardi Azra, Cendekiawan Muslim Hingga Mantan Rektor Jadi Ketua Dewan Pers