Peristiwa yang diakui sebagai pelanggaran HAM Berat diantaranya yakni:

1) Peristiwa 1965-1966,
2) Peristiwa Penembakan Misterius 1982-1985,
3) Peristiwa Talangsari, Lampung 1989,
4) Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis, Aceh 1989,
5) Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998,
6) Peristiwa Kerusuhan Mei 1998,
7) Peristiwa Trisakti dan Semanggi I - II 1998-1999,
8) Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999,
9) Peristiwa Simpang KKA, Aceh 1999,
10) Peristiwa Wasior, Papua 2001-2002,
11) Peristiwa Wamena, Papua 2003, dan
12) Peristiwa Jambo Keupok, Aceh 2003.

Setelahnya, Jokowi mengeluarkan Kepres Nomor 4 Tahun 2023.

Dalam Kepres tersebut tercantum susunan tim pengarah dan pelaksana PPHAM.

Berikut merupakan susunan tim pengarah PPHAM.

Ketua: Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan.

Wakil Ketua: Menteri Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan.

Anggota:
1. Menteri Dalam Negeri;
2. Menteri Luar Negeri;
3. Menteri Agama;
4. Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia;
5. Menteri Keuangan;
6. Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi;
7. Menteri Kesehatan;
8. Menteri Sosial;
9. Menteri Ketenagakerjaan;
10. Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat;
11. Menteri Pertanian;
12. Menteri Badan Usaha Milik Negara;
13. Menteri Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah;
14. Menteri Pariwisata dan Ekonomi Kreatif/Kepala Badan Pariwisata dan Ekonomi Kreatif;
15. Sekretaris Kabinet;
16. Jaksa Agung Republik Indonesia;
17. Panglima Tentara Nasional Indonesia;
18. Kepala Kepolisian Negara Republik Indonesia; dan
19. Kepala Staf Kepresidenan

Baca juga: Komnas Perempuan Desak Integrasi Perspektif Gender dalam Penanganan Pelanggaran HAM Berat Masa Lalu

Adapun susunan tim pelaksana PPHAM sebagai berikut.

Ketua: Sekretaris Kementerian Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan.

Wakil Ketua I: Sekretaris Kementerian Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan.

Wakil Ketua II: Makarim Wibisono

Sekretaris: Deputi Bidang Koordinasi Hukum dan Hak Asasi Manusia, Kementerian Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan.

Wakil Sekretaris:
Staf Khusus Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan Bidang Hubungan Kelembagaan.