Kemudian dalam Pilkada 2013, Abdul Gani menang dan dilantik menjadi Gubernur Maluku Utara.
Ia didampingi oleh Natsir Thaib sebagai wakilnya.
Lima tahun menjabat, Abdul Gani kembali mencalonkan diri menjadi Gubernur Maluku Utara bersama wakilnya, mantan Bupati Halmahera Tengah, Al Yasin Ali, lewat partai pengusung PDIP dan PKPI pada Pilkada Maluku Utara 2018.
Abdul Gani dan Al Yasin Ali dinyatakan sebagai pemenang usai putusan Mahkamah Konstitusi (MK) yang memutuskan perselisihan atas hasil Pilkada.
Mereka dinyatakan sebagai pemenang dengan raihan suara terbanyak yaitu 176.669 suara.
Sebagian artikel ini telah tayang di TribunTernate.com dengan judul Ini Kata Sekda Soal OTT KPK di Maluku Utara, Penyegelan Kantor Gubernur dan Sejumlah OPD
(Tribunnews.com/Pravitri Retno W/Ilham Rian Pratama/Yohanes Liestyo, TribunTernate.com/Sansul Ardi)