Neymar juga menjadi starter, setelah melewatkan dua pertandingan terakhir timnya karena skorsing.
Dia sempat menjalani perawatan cedera pergelangan kaki yang dideritanya saat bermain untuk Brasil di Piala Dunia.
Sementara itu Kylian Mbappe diistirahatkan untuk pertandingan kedua berturut-turut setelah diberikan cuti untuk liburan di New York.
Kylian Mbappe mencetak hat-trick di final tetapi dia bersama timnas Prancis mengalami kekalahan.
Mbappe dan Messi diperkirakan akan bersatu kembali akhir pekan ini dalam pertandingan tandang hari Minggu ke Rennes.
Sementara itu, absennya bintang Prancis membuat striker muda Hugo Ekitike kembali menjadi starter dalam serangan tuan rumah di Parc des Princes.
Dia membuka skor di menit kelima dari umpan silang Nordi Mukiele di akhir pergerakan yang juga dilakukan Messi.
PSG tidak dalam performa terbaik mereka tetapi Messi mencetak gol ke-13 klubnya musim ini untuk menjadikannya unggul 2-0.
Ekitike dan Mukiele kembali terlibat sebelum Messi menyelesaikannya.
Gol tersebut awalnya dianulir karena offside tetapi pemeriksaan VAR mensahkan gol tersebut.
"Kami kembali dari Piala Dunia sehingga sulit bagi para pemain untuk menemukan poin referensi mereka lagi," kata pelatih Christophe Galtier kepada penyiar Canal Plus dikutip dari AFP.
"Kami semua baru saja terbiasa bermain bersama lagi dan Anda bisa melihat kadang-kadang kami kekurangan beberapa koneksi antara para pemain yang lebih sering kami miliki sebelum Piala Dunia," tambah Galtier, yang mengakui bahwa ia demam selama pertandingan.
PSG memperpanjang keunggulan atas Lens
Itu adalah kekalahan liga ke-10 berturut-turut untuk Angers.
Sementara tim PSG asuhan Galtier memperpanjang keunggulan mereka di puncak klasemen saat Lens yang berada di posisi kedua ditahan imbang 2-2 di Strasbourg.