Bojan Hodak memiliki tugas yang cukup berat saat memimpin skuad Juku Eja di AFC Cup 2020.
Kala itu, PSM Makassar menghadapi klub Timor Leste, Lalenok United.
Dua leg pertandingan berhasil disapu bersih dengan kemenangan sekaligus membawa PSM ke putaran final AFC Cup 2020.
Pada laga pembuka Grup H, PSM langsung menerima kekalahan 1-2 dari Tampines Rovers.
Namun, PSM berhasil bangkit lewat kemenangan 3-1 atas Shan United.
Pada matchday ketiga AFC Cup 2020, PSM harus puas berbagi poin dengan Kaya FC dengan skor 1-1.
Hasil tersebut membuat PSM finis di peringkat ketiga Grup H. Namun akhirnya AFC Cup 2020 dibatalkan akibat pandemi Covid-19.
Di Liga 1, Bojan Hodak langsung membawa PSM Makassar meraih kemenangan saat mengalahkan PSS Sleman dengan skor 2-1 pada laga pembuka.
Setelah itu ada dua pertandingan Liga 1 yang turut dipimpin oleh Hodak bersama PSM.
Namun pada kedua laga saat melawan Persita Tangerang dan Barito Putera itu berakhir imbang 1-1.
Karier Bojan Hodak bersama PSM Makassar pun tak bertahan lama.
Ia pun terpaksa hengkang dari PSM karena Liga 1 dihentikan akibat pandemi covid-19.
Kemudian, Bojan Hodak pun memutuskan untuk Hijrah ke Kuala Lumpur City FC pada tahun 2021.
Selama menukangi PSM Makassar, Bojan Hodak tercatat sudah memimpin delapan pertandingan.