Kemudian kuil ini menjadi gereja Kristen yang didedikasikan untuk Yohanes Pembaptis pada era Bizantium menjelang akhir abad keempat.

Setelah Pertempuran Yarmouk pada tahun 636 M, Damaskus ditaklukkan oleh umat Muslim di bawah pimpinan Khalid bin Walid.

Umat Muslim berbagi bangunan gereja dengan umat Kristen untuk beribadah. 

Umat Muslim berdoa di bagian timur bangunan sementara umat Kristen di sisi barat.

Pembangunan masjid ini didasarkan pada masjid Nabi Muhammad di Madinah, yang memiliki banyak fungsi: tempat untuk doa pribadi dan berjamaah, pendidikan agama, pertemuan politik, administrasi peradilan, dan bantuan bagi orang sakit dan tunawisma. 

Bangunan itu menjadi salah satu keajaiban dunia, karena merupakan salah satu yang terbesar pada masanya. 

Dinding eksterior didasarkan pada dinding kuil Jupiter dan berukuran 100 x 157,5 m.

Masjid Umayyah memiliki arti khusus bagi umat Islam Syiah, karena tempat ini merupakan tujuan para keturunan Nabi, yang datang dari Irak setelah Pertempuran Karbala.

Ruang salat terdiri dari tiga lorong, yang ditopang oleh tiang-tiang dalam tatanan Korintus.

Masjid ini merupakan salah satu masjid pertama (yang lainnya adalah Masjid Al-Aqsa di Yerusalem) yang memiliki bentuk seperti itu dan dengan cara ini, para jamaah dapat melihat mihrab, ceruk yang menunjukkan arah kiblat.

Pada tahun 2001, Paus Yohanes Paulus II mengunjungi masjid tersebut, terutama untuk mengunjungi relik Yohanes Pembaptis. 

Itulah pertama kalinya seorang Paus berkunjung ke masjid.

(Tribunnews.com, Tiara Shelavie)