Peresmian penutupan muktamar ditandai dengan pemukulan gong oleh Wapres Boediono, di Sportorium Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY), Yogyakarta, Kamis (8/7/2010).

"Akhirnya, Muktamar Seabad Muhammadiyah, Muktamar ke-46 Muhammadiyah, Muktamat Aisyiyah, secara resmi saya nyatakan ditutup," kata Wapres Boediono didampingi istri di Sportorium, Universitas Muhammadyah Yogyakarta (UMY), Yogyakarta.

Dalam acara penutupan ini, panitia menyajikan musik orchestra ke sekitar 5000 yang memenuhi Gedung Sportorium. Bahkan jelang akhir acara panitia, meletupkan kertas-kertas kecil ke dalam tengah Sportorium agar acara makin meriah.

Tampak hadir, Menteri Agama Suryadharma Ali, Menteri Pendidikan Nasional M Nuh, Menteri Hukum dan HAM Patrialias Akbar, Menteri Kehutanan Zulkifli Hasan, Ketua Komisi Yudisial Busyro Muqoddas, Gubernur DIY Sri Sultan Hamengkubowono X, pimpinan parpol, Kapolda dan Danrem Yogyakarta, pimpinan Muhammadiyah segala tingkatan, dan sejumlah perwakilan duta besar negara sahabat.

Dari rangkaian agenda muktamar, terpilih Din Syamsuddin sebagai Ketua Umum dan Agung Danarto sebagai Sekretarus Umum PP Muhammadiyah 2010-2015, Siti Noordjanah Djohantini sebagai Ketua Umum dan Dyah Siti Nuraini sebagai Sekretaris Umum Aisyiyah 2010-2015.