Lalu menjabat sebagai Menteri Agama Kabinet Reformasi Pembangunan (23 Mei 1998-29 Oktober 1999).

Abdul Malik Fadjar juga melakukan pekerjaan sebagai seorang guru.

Ia mengawali karier sebagai guru SD di Taliwang, Nusa Tenggara Barat.

Sebelumnya, ia aktif mengajar di Universitas Islam Negeri Jakarta.

Selain itu, Abdul Malik Fadjar juga mengajar di Universitas Muhammadiyah Malang.

Dirinya juga menjadi rektor di Universitas Muhammadiyah Malang pada 1983-2000.

Dikutip dari Kompas.com, Abdul Malik Fadjar juga pernah menjadi anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres).

Pada 2015 silam, Din Syamsuddin mengapresiasi penunjukan Abdul Malik Fadjar sebagai Wantimpres.

Din mengatakan, penunjukan Abdul Malik sebagai anggota Wantimpres merupakan hak prerogatif Presiden.

Abdul Malik Fadjar ditunjuk menjadi Wantimpres bersama, Subagyo HS, Sidarto Danusubroto, Rusdi Kirana, Suharso Monoarfa, M Yusuf Kartanegara, Jan Darmadi, Hasyim Muzadi, dan Sri Adiningsih.

Tak Sekedar Pendidik

Berdasarkan keterangan tertulis dari Universitas Muhammadiyah Malang (UMM), Malik Fadjar tak sekedar pendidik. 

Ia juga berkontribusi besar dalam membangun sekolah-sekolah Muhammadiyah dan perpustakaan desa di daerah Yogyakarta dan Magelang.

Kesuksesannya dalam mengembangkan pendidikan, terutama pendidikan Islam, membuat namanya kian disegani dalam dunia pendidikan Indonesia.

Terlebih, ia mampu membawa UMM yang semula tak begitu dipandang menjadi kampus yang amat disegani dalam konteks nasional bahkan internasional.

Hal itu membuatnya dipercaya sebagai Menteri Agama di era Presiden BJ Habibie pada 1998-1999 dan Menteri Pendidikan Nasional di era kepemimpinan Megawati Soekarnoputri 2001-2004.

Jati diri Malik Fadjar sebagai seorang pendidik, begitu pula karakter kepemimpinannya yang memiliki pengaruh demikian besar itu tidak terjadi begitu saja.