"Jadi wajar kalau sekarang NU memanfaatkan banyak peluang di Kemenag. Kenapa begitu? Kemenag itu muncul karena pencoretan 7 kata dalam Piagam Jakarta, yang mengusulkan jadi juru damai Bapak Wahab Chasbullah dari NU. Kemudian lahir Kemenag," kata Yaqut.

"Nah wajar kalau kita minta Dirjen Pesantren, banyak afirmasi pesantren dan santri NU wajar-wajar saja, tidak ada yang salah," tutur Yaqut.

Pernyataan Yaqut itu yang kemudian mendapat banyak sorotan.

Sekretaris Umum PP Muhammadiyah, Abdul Mu'ti mengaku tidak memahami apa tujuan Yaqut menyampaikan masalah itu.

"Saya tidak tahu apa maksud dan tujuan menteri agama membuat pernyataan tersebut," kata Mu'ti saat dikonfirmasi, Minggu (24/10).

Sepemahamannya Mu’ti, sejarah cikal bakal terbentuknya Kemenag juga tidak sesuai dengan apa yang disampaikan Yaqut.

"Setahu saya sejarah Kementerian Agama berbeda dengan yang disampaikan Menteri Agama," kata Mu'ti.

Ia pun menolak berkomentar banyak terhadap masalah ini. Menurutnya, Yaqut sudah paham betul dengan apa yang harus ia lakukan. "Menag lebih tahu apa langkah yang terbaik," tutup dia.

Dari kalangan NU sendiri Sekjen PBNU Helmy Faishal Zaini mengaku tak setuju dengan pernyataan Yaqut itu. Ia juga menyayangkan pernyataan yang dinilainya kurang bijaksana itu.

”Dengan segala hormat dan kerendahan hati, tentang pernyataan Pak Menteri Agama tentu itu hak beliau. Meski saya pribadi dapat menyatakan bahwa komentar tersebut tidak pas dan kurang bijaksana dalam perspektif membangun spirit kenegarawanan,” kata Helmy, Minggu (24/10).

“Kemenag hadiah negara untuk semua agama, bukan hanya untuk NU atau hanya untuk umat Islam,” imbuh dia.

Helmy mengakui NU juga punya peran besar dalam pembentukan Piagam Jakarta.

Namun, ia menerangkan itu tidak berarti NU dapat semena-mena berkuasa atas Kementerian Agama atau merasa ada hak khusus.

Ia menjelaskan peran NU jauh sebelum kemerdekaan telah memposisikan pesantren sebagai pilar pembentuk karakter mental bangsa yang bertumpu kepada akhlaqul karimah.