Ia dimutasi menjadi Dirreskrimum Polda DIY 2014.

Pada 2015, Karyoto lagi-lagi ditugaskan di Bareskrim Polri menjadi Analis Kebijakan Madya Bidang Pideksus.

Kemudian, ia menjadi Direktur Analis Pemutus Jaringan Internasional BNN pada 2016.

Jabatan itu diemban Karyoto selama dua tahun sebelum akhirnya menjadi Analis Kebijakan Utama Bidang Pidkor Bareskrim Polri.

Dilansir TribrataNews Sulut, setelahnya Karyoto dilantik menjadi Wakapolda Sulut menggantikan Brigjen Johni Asadoma.

Baca juga: Firli Bahuri Minta Kapolri Tarik Karyoto dan Endar Priantoro, Dewas KPK: Sesuatu yang Lazim

Acara serah terima jabatan tersebut berlangsung di Aula Catur Prasetya Polda Sulut pada 29 Oktober 2018.

Hampir satu tahun di Sulut, Karyoto kemudian dimutasi menjadi Wakapolda DIY.

Pada April 2020, ia meninggalkan jabatannya sebagai Wakapolda DIY karena menjadi Deputi Penindakan di KPK, sebagaimana diberitakan TribrataNews Bantul.

Pelantikan Karyoto sebagai Deputi Penindakan KPK dipimpin langsung oleh pimpinan lembaga anti-rasuah pada 14 April 2020, di Auditorium Gedung Penunjang KPK.

Momen ini berbarengan dengan kenaikan jabatan yang diperoleh Karyoto, dari Brigjen menjadi Irjen.

Meski bertugas di KPK, status Karyoto masih sebagai anggota Polri.

"Terkait posisi di Polri, yang bersangkutan tetap jadi anggota Polri dengan penugasan di kelembagaan di luar Polri," ujar Kapolri saat itu, Idham Azis, Selasa (14/4/2020).

Diketahui, Karyoto mengisi jabatan Deputi Penindakan KPK yang sebelumnya pernah diduduki Ketua KPK, Firli Bahuri.

Posisi ini kosong hampir setahun setelah ditinggal Firli yang ditarik kembali ke Polri pada Juni 2019.