Setelah 12 (dua belas) tahun mengabdi di Bumi Borneo, pada bulan Januari 2002 Suharto mendapatkan keputusan alih tugas ke PN Kabupaten Madiun (Jawa Timur).

Tugas sebagai hakim di PN Madiun ia jalani hingga Juli 2005, di saat itu Ia mendapatkan penugasan ke PN Kediri.

Dua tahun berikutnya, Suharto mendapat promosi sebagai Hakim di PN Jakarta Selatan.

Pada tahun 2009, ia mendapat kepercayaan untuk memimpin pengadilan sebagai Wakil Ketua PN Samarinda.

Setelah satu tahun menjalani tugas sebagai Wakil Ketua PN Samarinda, pada September 2010, ia dipercaya menjadi menjalankan amanah sebagai Wakil Ketua PN Jakarta Utara.

Pengabdiannya sebagai Wakil Ketua PN Jakarta Utara berakhir hingga Agustus 2011 ketika aa dipercaya mengemban amanat sebagai Ketua PN Jakarta Pusat.

Jabatan Ketua Pengadilan Negeri Jakarta Pusat ia jalani hingga November 2013.

Pengalaman sebagai pimpinan di beberapa pengadilan negeri tersebut telah mengantarkan Lulusan Fakultas Hukum Universitas Jember tahun 1984 tersebut sebagai Hakim Tinggi pada PT Makassar pada bulan November 2013.

Rekam jejak selama mengabdi sebagai hakim dan pimpinan pengadilan telah memunculkan nama dari suami Titie Poedji Sayekti ini sebagai sosok yang terpilih untuk menduduki jabatan Panitera Muda Pidana Mahkamah Agung pada tanggal 7 April 2016.

Suharto kemudian bergeser menjadi Panitera Muda Pidana Khusus MA terhitung mulai tanggal 10 Januari 2019.

Dua tahun kemudian, Suharto lolos dalam seleksi hakim agung dan dilantik sebagai hakim agung pada 19 Oktober 2021.

Dua tahun berikutnya, pada bulan yang sama dengan bulan pelantikannya sebagai hakim agung, penyandang Magister Hukum dari Universitas Merdeka Malang tahun 2003 dilantik sebagai Ketua Kamar Pidana Mahkamah Agung.

Sebagai Ketua Kamar Pidana, Suharto, bertanggung jawab terhadap penyelesaian perkara pidana yang berdasarkan base line data 2022 berjumlah sebanyak 10.846 perkara.

Selain sebagai Ketua Kamar Pidana, Suharto juga diberikan amanah sebaga Juru Bicara Mahkamah Agung yang diembannya sejak awal tahun 2023.