Pasal tersebut menyatakan Komisi Pemberantasan Korupsi berwenang mengkoordinasikan dan mengendalikan penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan tindak pidana korupsi yang dilakukan bersama-sama oleh orang yang tunduk pada peradilan militer dan peradilan umum.

Pasal itu dinyatakan bertentangan dengan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia
Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dimaknai "Komisi Pemberantasan Korupsi berwenang mengkoordinasikan dan mengendalikan penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan tindak pidana korupsi yang dilakukan bersama-sama oleh orang yang tunduk pada peradilan militer dan peradilan umum, sepanjang perkara dimaksud proses penegakan hukumnya ditangani sejak
awal atau dimulai/ditemukan oleh Komisi Pemberantasan Korupsi".

Melalui putusan tersebut, Mahkamah memberikan syarat kepada KPK, bahwa kasus korupsi yang dilakukan bersama-sama oleh orang yang tunduk pada peradilan militer dan peradilan umum, baru boleh ditangani KPK apabila sejak awal proses hukumnya dimulai oleh lembaga antirasua itu.

Suhartoyo juga memastikan KPK tidak memiliki kewajiban untuk menyerahkan perkara tindak pidana korupsi tersebut kepada Oditurat dan peradilan militer.

"Sebaliknya, perkara tindak pidana korupsi yang dilakukan oleh orang yang tunduk pada peradilan militer yang ditemukan dan dimulai penanganannya oleh lembaga penegak hukum selain KPK maka tidak ada kewajiban bagi lembaga hukum lain tersebut untuk melimpahkannya kepada KPK.

Hakim Konstitusi Arsul Sani menjelaskan dalam pertimbangan putusan itu, sekalipun KPK merupakan lembaga yang lahir pada era setelah reformasi dibandingkan dengan kepolisian, kejaksaan, dan TNI yang merupakan instansi/lembaga yang telah jauh dulu dibentuk sebelum adanya KPK, namun dalam hal ini ketentuan Pasal 42 UU 30/2002 telah mengatur dan menempatkan KPK menjadi instansi yang diberi kewenangan untuk menjalankan koordinasi dan pengendalian penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan tindak pidana korupsi yang dilakukan bersama-sama oleh orang yang tunduk pada peradilan militer dan peradilan umum.

Baca juga: KPK Koordinasi dengan Menhan dan Panglima TNI usai Putusan MK

Menurut dia, hal ini sebagai salah satu perwujudan KPK adalah lembaga yang diberi kewenangan khusus dan berfungsi untuk melakukan supervisi dan memantau institusi yang telah ada, dan dalam keadaan tertentu dapat mengambil alih tugas dan wewenang penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan.