Ketika Cylcops sedang bertugas, dia berjalan-jalan ke Alkali Lake, tempat di mana Jean terbunuh.

Tanpa ia sadari, ternyata Jean tiba-tiiba hidup kembali.

Namun, Jean yang sekarang bukanlah Jean yang dia kenal dulu, karena dia berubah.

Hal ini menyebabkan Jean menjadi mutan yang berkekuatan sangat besar dan dijuluki Phoenix.

Tetapi hal ini justru membawa bencana baru bagi Cyclops.

Akhirnya dia tewas secara mengenaskan di tangan Jean.

Sementara Profesor X meminta Storm dan Wolverine untuk mencari Cylops, karena merasa ada sesuatu buruk sedang terjadi pada Cyclops.

Tetapi mereka hanya menemukan Jean yang tergolek di Alkali Lake dengan kacamata milik Cyclops.

Pada saat itu Jean pun di bawa ke X-Mansion untuk dirawat.

Pada saat dia sudah sadar, Jean berhasil kabur dan sebelumnya hampir membunuh Wolverine.

Sedangkan muncul isu tentang penemuan cairan 'penyembuh' yang dikembangkan pemerintah ini menuai banyak kecaman dari mutan.

Kemudian ini juga menyulut kemarahan Magneto dan menjadikannya semakin membenci umat manusia.

kemudian para X-Men harus berusaha menghentikan penyebaran cairan 'penyembuh' yang telah mengenai Mystique dan juga harus menyelamatkan Jean dari kekuatan barunya.

Lalu bagaimana kelanjutan kisah fim X-Men:The Last Stand ini?