Sebenarnya semua Masjid Pathok Negoro memiliki ciri khas, yakni terdapat kolam yang mengelilingi masjid yang disebut jagang, pohon sawo kecik, beduk, pentongan, dan mimbar yang ada di dalam masjid.

Tetapi yang masih mempertahankan semua ciri khas tersebut hanyalah Masjid Pathok Negoro Ploso Kuning

"Semua tiang penyangga ini sebagian besar masih asli dan terbuat dari kayu jati,” terang Suprobo.

Masjid Pathok Negoro Plosokuning telah mengalami beberapa kali renovasi, dan terjadi perubahan, seperti lantai saat ini sudah berubah.

Pada bagian lantai masjid dulunya diplester biasa dengan menggunakan semen merah, kemudian pada tahun 1976 lantai masjid ini diganti dengan tegel.

Begitu juga dengan daun pintu dan temboknya dilakukan penggantian pada tahun 1984.

“Dulu tembok dinding masjid setebal 2 batu, namun karena terkikis terus menerus sekarang tinggal satu batu. Dahulu pintu masjid hanya ada satu dan sangat rendah yang menyebabkan ruang masjid menjadi gelap. Pintu yang rendah ini dimaksudkan agar setiap orang yang masuk masjid hendaknya menunduk dan menunjukkan rasa tawadhuk serta sopan santun terhadap rumah tuhan," ungkap Suprobo.

Pada tahun 2000 kembali dilakukan renovasi pada empat tiang utamanya dan beberapa elemen, pada tahun 2001 kembali mengalami renovasi pada bagian serambi dan tempat wudhu.