Kabupaten Nunukan adalah salah satu kabupaten di Kalimantan Utara, Indonesia. Ibu kota kabupaten ini terletak di kota Nunukan. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 14.493 km² dan berpenduduk sebanyak 140.842 jiwa (hasil Sensus Penduduk Indonesia 2010). Motto Kabupaten Nunukan adalah "Penekindidebaya" yang artinya "Membangun Daerah" yang berasal dari bahasa Tidung. Nunukan juga adalah nama sebuah kecamatan di kabupaten ini..

Pelabuhan Nunukan merupakan pelabuhan lintas dengan kota Tawau, Malaysia. Bagi penduduk kota Nunukan yang hendak pergi ke Tawau diperlukan dokumen PLB (Pas Lintas Batas). Setiap hari rata-rata sekitar 8 unit kapal cepat dengan kapasitas kurang lebih 100 orang mondar-mandir antar Nunukan dengan Tawau, Malaysia.