Melalui Keppres itu Kemendagri diperintahkan membentuk tim teknis membantu dalam hal teknis di bidang pengadaan proyek e-KTP. Pembentukan tim ini melibatkan perwakilan dari 15 Kementerian dan Lembaga Negara.
Hasil kerja tim teknis diberikan kepada PPK yang dipimpin Sugiharto dan rancangan anggaran biaya proyek itu oleh Dirjen Dukcapil, Irman, dilaporkan kepada Gamawan. Lalu oleh Gamawan diperintahkan agar rancangan anggaran biaya itu dipresentasikan kepada KPK untuk dikawal atas pengerjaan proyek.
Di kesempatan itu, Gamawan mengaku telah berkali-kali mengaudit kepada BPKP (Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan) dari sejak awal rancangan anggaran biaya dibuat hingga pemenang tender proyek e-KTP telah ditetapkan. Sehingga, dia kaget saat KPK menetapkan Sugiharto tersangka.
“Setelah berjalan, tiga tahun diperiksa BPK, tidak pernah disebut oleh BPK ada kerugian negara. Tak ada satu lembaga pun yang menyatakan salah, lalu, pak Sugiharto tiba-tiba tersangka. Iya, saya kaget dimana salahnya,” kata Gamawan.
Setelah pemeriksaan Gamawan berakhir, majelis hakim mengkonfrontir keterangan empat orang saksi. Mereka yaitu, Gamawan Fauzi, Mantan Sekjen Kemendagri, Diah Anggraeni, Kabiro Perencanaan Kementerian Dalam Negeri 2004-2010, Yuswandi A Temenggung, dan eks Ketua Komisi II DPR RI, Chaeruman Harahap.
Selain itu, turut hadir sebagai saksi di persidangan, yaitu Elvius Dailami, Direktur Utama PT Karsa Wira Utama, Winata Cahyadi dan Dirjen Administrasi Kependudukan 2005-2009, Rasyid Saleh. Sementara itu, Agus Martowardoyo, berhalangan hadir karena sedang memimpin Rapat Dewan Gubernur (RDG) Bank Indonesia.