Ia pensiun dari TNI pada tahun 1999.
Pada 2002 Yosfiah menjadi anggota Partai Persatuan Pembangunan (PPP).
Yosfiah juga adalah Sekretaris Jenderal PPP dari bulan Desember 2003 hingga tahun 2007.
Baca: Awal Mula Gatot Nurmantyo Kaitkan Pergantian Jabatan dengan Nobar Film G30S/PKI, Tuai Respons Istana
Pada bulan Februari 2007 Yosfiah ikut dalam pemilihan Ketua Umum PPP, tetapi ia gagal.
Terakhir, mantan anggota Kopassus ini menjadi anggota DPR dari PPP periode 2004-2009 dan duduk di Komisi XI.
Artikel ini telah tayang di tribunmanado.co.id dengan judul Sosok Letjen Purn Muhammad Yunus Yosfiah, Orang Pertama yang Melarang Pemutaran Film G30S/PKI