Ia kalah.
Konvensi dimenangkan Wiranto yang kemudian menjadi calon presiden dari Partai Golkar berpasangan dengan Salahuddin Wahid.
Pada akhirnya, pasangan Susilo Bambang Yudhoyono-Jusuf Kalla yang keluar sebagai pemenang.
2009
Prabowo kembali unjuk gigi. Kali ini ia punya kendaraan sendiri, Partai Gerindra.
Semula Prabowo berniat melenggang bersama Ketua Umum PAN kala itu Soetrisno Bachir yang digandengnya menjadi calon wakil presiden.
Namun, pasangan ini sudah layu sebelum berkembang karena tak mampu memenuhi persyaratan kursi dukungan.
Prabowo mengubah haluan dan berlabuh dalam koalisi bersama Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDI-P) yang mengusung Megawati Soekarnoputri sebagai calon presiden.
Melalui perundingan yang alot, Prabowo akhirnya legawa dipasangkan sebagai calon wakil presiden.
Namun, pasangan ini gagal meraih kemenangan. Pilpres saat itu dimenangkan oleh Susilo Bambang Yudhoyono-Budiono
2014
Prabowo kembali maju. Kali ini, Partai Gerindra sudah tumbuh lebih besar dibandingkan pada 2009. Kursi Partai Gerindra meningkat pesat menjadi 73 kursi dari sebelumnya 26 kursi.
Daya tawar Prabowo untuk menjadi calon presiden pun menjadi kuat. Pada akhirnya, Prabowo pun berhasil menjadi calon presiden dan menggandeng Ketua Umum Partai Amanat Nasional Hatta Rajasa.
Pasangan ini juga didukung oleh Partai Golkar, Partai Keadilan Sejahtera, dan Partai Partai Persatuan Pembangunan.