Menurut dakwaan Jaksa, motif Muchdi menyuruh Pollycarpus membunuh Munir karena dendam terhadap Munir yang menyelidiki penculikan aktivis pada tahun 1997-1998 oleh Tim Mawar Kopassus.
Aktivitas Munir itu berujung pada pembebastugasan Muchdi dari jabatannya sebagai Komandan Jenderal Kopassus.
Namun, Muchdi membantah ia dibebastugaskan akibat peristiwa penculikan oleh Tim Mawar.
Persidangan
Selama jalannya sidang kasus kematian Munir, jaksa menghadirkan 14 saksi, 3 ahli, dan 4 verbalisan (polisi yang memeriksa tersangka pada penyidikan).
Namun, ada kejanggalan dari sikap saksi yang dihadirkan dari BIN ketika ditanya soal hubungan mantan pilot Garuda Indonesia, Pollycarpus Budihari Priyanto, dan Muchdi.
Kesaksian yang Berubah
Dua staf Muchdi dari BIN, Zondhy Anwar dan Aripin Rahman, ketika diperiksa penyidik Polri mengaku kenal wajah Pollycarpus saat ditunjukkan fotonya oleh penyidik.
Mereka juga mengaku melihat Pollycarpus di ruang kerja Muchdi.
Namun, saat diperiksa sebagai saksi di persidangan, Zondhy mencabut keterangan itu.
Sementara Aripin menolak keterangannya di Berita Acara Pemeriksaan (BAP).
Sikap yang sama juga ditunjukkan oleh saksi bernama Kawan, Anggota Kopassus yang pernah bertugas di Sandi Yudha.
Ia juga mencabut keterangannya di BAP soal kehadiran Pollycarpus di ruangan Direktur 5.1 BIN, Budi Santoso pada hari-hari menjelang pembunuhan Munir.
Padahal, hubungan Pollycarpus dengan Muchdi ini menjadi dasar jaksa untuk mendakwa Muchdi sebagai penganjur pembunuhan Munir.
Baca juga: FAKTA Hacker Bjorka, Klaim Retas Data BIN-Jokowi hingga Bongkar Dalang di Balik Pembunuhan Munir