- Dikspespa/Kom Angkatan 6 (1992/1993)
- Diklapa ll/Koum Angkatan 11 (1997/1998)
- Seskoal A-40 (2003)
- Sesko TNI A-38 (2011)
- Lemhannas Rl PPRA A-52 (2014)
Baca juga: KSAL Yudo Margono Pastikan Kesiapan Diri Jadi Panglima: Prajurit Diperintah Ya Harus Siap
Berikut karier militer yang pernah diemban Yudo Margono:
- Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1988)
- Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364
- Palaksa KRI Fatahillah 361
- Komandan KRI Pandrong 801
- Komandan KRI Sutanto 877
- Komandan KRI Ahmad Yani 351
- Komandan Lanal Tual (2004–2008)
- Komandan Lanal Sorong (2008–2010)