Tercatat, terdapat enam angka perubahan yang disepakati berdasarkan hasil pembahasan RUU kementerian negara.

Enam angka perubahan tersebut antara lain:

1. Penyisipan pasal 6A terkait pembentukan kementerian tersendiri yang diedarkan pada urusan pemerintahan sepanjang memiliki keterkaitan ruang lingkup urusan pemerintahan.

2. Penyisipan pasal 9A terkait penulisan pencantuman dan atau pengaturan unsur organisasi dapat dilakukan perubahan oleh presiden sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan.

3. Penghapusan penjelasan pasal 10 sebagai akibat putusan MK nomor 79/PUU-IX/2011.

4. Perubahan pasal 15 dan penjelasannya terkait dengan jumlah kementerian yang ditetapkan sesuai dengan kebutuhan presiden.

5. Perubahan judul Bab 6 menjadi hubungan fungsional kementerian dan lembaga pemerintah non kementerian, lembaga non struktural dan lembaga pemerintah lainnya. Perubahan ini sebagai konsekuensi penyesuaian terminologi lembaga non struktural yang diatur dalam perubahan pasal 25.

6. Penambahan ketentuan mengenai tugas pemantauan dan peninjauan terhadap undang undang di pasal II.