1. Lintas Utara, yaitu Cilegon-Jakarta Gudang-Semarang Tawang
- Stasiun akhir Cilegon - Stasiun akhir Jakarta Gudang - Stasiun akhir Pasar Senen - Stasiun akhir Cirebon Prujakan - Stasiun akhir Tegal - Stasiun akhir Pekalongan - Stasiun akhir Semarang Tawang
2. Lintas Tengah, yaitu Jakarta Gudang-Purwosari (PP)
- Stasiun akhirJakarta Gudang - Stasiun akhir Pasar Senen - Stasiun akhir Cirebon Prujakan - Stasiun akhir Purwokerto - Stasiun akhir Kroya - Stasiun akhir Kutoarjo - Stasiun akhir Lempuyangan - Stasiun akhir Purwosari
3. Lintas Selatan yaitu Kiaracondong-Purwosari (PP)
- Stasiun akhir Kiaracondong - Stasiun akhir Tasikmalaya - Stasiun akhir Sidoreja - Stasiun akhir Kroya - Stasiun akhir Gombong - Stasiun akhir Kutoarjo - Stasiun akhir Lempuyangan - Stasiun akhir Purwosari