Zaman dahulu ketika jutaan tahun yang lalu, sebuah pesawat ruang angkasa dari ras alien humanoid canggih tiba di planet purba, mungkin Bumi.
Salah satu alien mengkonsumsi cairan gelap, menyebabkan tubuhnya hancur dan jatuh ke air terjun terdekat.
DNA nya itulah yang kemudian hancur dan bergabung kembali dan menyebarkan kehidupan di planet ini.
Tahun 2089 di Isle of Skye di lepas pantai Skotlandia, pasangan arkeolog Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) dan Charlie Holloway (Logan Marshall Green) menemukan peta bintang di sebuah gua yang mereka rekam di antara sisa sisa budaya kuno lainnya.
Peter Weyland (Guy Pearce), pendiri tertua dan CEO Weyland Corporation, mendanai pembuatan kapal penelitian ruang angkasa ilmiah yang disebut USS Prometheus untuk mengikuti peta ke bulan jauh LV 223 beberapa tahun cahaya dari Bumi.
Para awak kapal melakukan perjalanan dalam kondisi hibernasi dengan kecepatan rendah.
Sementara David (Michael Fassbender) tetap terjaga di posisi control pilot untuk memantau seluruh perjalanan merkeka.
Pada tahun 2093, kapal tiba di orbit sekitar LV 223, setelah dibangunkan dari hibernasi, para kru diberitahu tentang misi mereka untuk menemukan alien kuno, yang disebut "Insinyur" yang mungkin adalah pencipta ras manusia.
Mereka juga melihat pesan holografik dari Weyland yang memberi tahu mereka tentang pendanaannya untuk misi dan bahwa ia telah meninggal.
Weyland juga memberi tahu semua orang bahwa Charlie dan Elizabeth bertanggung jawab atas misi.
Direktur misi dan putri Peter Weyland, Meredith Vickers mengeluarkan perintah untuk menghindari kontak langsung dengan makhluk hidup mana pun.
Prometheus mendarat di dekat struktur buatan besar di permukaan planet ini dan sebuah tim menuju ke dalam untuk menjelajah.
Di dalamnya mereka menemukan beberapa ampul, patung monolitik dari kepala humanoid, dan mayat alien humanoid raksasa, yang dianggap sebagai salah satu Insinyur.
Badan badan lain kemudian ditemukan dan spesies ini dianggap punah, diam diam David mencuri salah satu ampul untuk dipelajari, sementara silinder yang tersisa mulai membocorkan cairan gelap.