Thomas bersama anak-anak yang lain diletakkan di dalam labirin sebagai bagian dari pengujian ilmiah.
Setahun kemudian, setelah berhasil keluar dari labirin, Thomas dan kawan-kawan yakni Teresa, Newt, Minho, Frypan, dan Winston dibawa ke sebuah fasilitas oleh tuan Janson.
Janson menyebut, Thomas dan seluruh rombongan berada di fasilitas yang aman dan menyelamatkan mereka dari WCKD.
Tak hanya itu, Janson juga menyampaikan menjauhkan mereka dari virus yang bernama Flare.
Serta para 'Cranks', yang merupakan manusia namun sudah terinfeksi oleh virus tersebut.
Semua kebutuhan sudah disiapkan di dalam fasilitas tersebut.
Namun, Thomas yang kritis tetap menaruh curiga dan melakukan investigasi.
Dengan bantuan Aris, Thomas menyadari apabila mereka masih di bawah naungan WCKD.
Janson, yang menyelamatkan mereka justru bekerja untuk perusahaan itu.
Baca: Sinopsis The King: Eternal Monarch Episode 4: Lee Gon Membawa Tae Eul ke Kerajaan Corea
Baca: Sinopsis Film xXx Dibintangi Vin Diesel Tayang di Bioskop Trans TV, Jumat 1 Mei 2020 Pukul 20.30 WIB
Thomas dan Aris berhasil memasuki sebuah laboratorium dan mendengarkan percakapan antara Janson dengan Ava Paige.
Janson dan Ava Paige kala itu membahas perihal eksperimen soal imun serta The Right Arm.
The Right Arm merupakan sebuah kelompok yang berhasil selamat dari WCKD dan mengisolasi diri di pegunungan.
Thomas, bersama Aris kemudian berhasil keluar dari fasilitas dan mulai menelusuri dunia luar.
Mereka berencana untuk menemukan The Right Arm agar mereka selamat.