Beberapa kali ia tampak merapihkan seragamnya agar tidak terlihat kusut.
Tentara sudah mulai masuk dan menguasai lantai satu rumah dan tembakan pun dilepaskan.
Banyak perabotan rumah yang menjadi sasaran tembakan dari pasukan tersebut.
Istri dan anak DI Pandjaitan yang juga berada di lantai 2 semakin ketakutan.
Asisten rumah tangganya juga melaporkan bahwa 2 keponakan DI Pandjaitan berada di lantai satu, yaitu Albert dan Viktor terkena tembakan, tetapi DI Pandjaitan tetap tenang.
Pandjaitan kemudian turun ke lantai 1 yang dikuasai oleh para tentara dengan langkah perlahan.
Kemudian pasukan tentara yang mengepung rumah Pandjaitan disebut berasal dari satuan Cakrabirawa, pasukan khusus pengawal Presiden Soekarno.
Saat sudah berada di hadapan para tentara, Pandjaitan diminta untuk segera naik ke truk yang akan mengantarkannya ke Istana.
Kemudian mereka mengabarkan bahwa Jenderal berbintang satu itu dipanggil oleh Presiden Soekarno karena kondisi darurat.
Sebelum itu, Pandjaitan menyempatkan diri untuk berdoa yang menyebabkan para tentara semakin marah.
Tampak seorang tentara memukulkan popor sentaja, tapi oleh Pandjaitan ditepis sebelum menghantam wajahnya dan tentara yang lain marah.
Asisten IV Menteri/Panglima Angkatan Darat itu ditembak.
DI Pandjaitan pun tewas.
Jenazah Pandjaitan kemudian dimasukkan dalam truk dan dibawa pergi.Â