Hanya empat menit setelah dibobol oleh Cristiano Ronaldo, tim tuan rumah memangkas jarak seusai sontekan Aubameyang berhasil mengelabui kiper Keylor Navas.
Cristiano Ronaldo membalas "perbuatan" Pierre-Emerick Aubameyang.
Pada menit ke-79, ia kembali menggetarkan jala gawang Borussia Dortmund lewat sepakan keras.
Skor tak berubah sampai pertandingan selesai.
Tripoin menjadi milik Real Madrid.
Baca: Babak I, Spartak Moskwa Mampu Imbangi Liverpool 1-1
Kemenangan membawa Si Putih bercokol di puncak klasemen Grup H dengan koleksi enam poin dari hasil dua kali bertanding.
Sementara itu, Borussia Dortmund menempati tangga ketiga tanpa satu poin pun.
Hasil positif yang diraih Real Madrid sekaligus memutus sebuah kutukan.
Sebelum pertemuan kali ini, Cristiano Ronaldo dkk tak pernah menang saban datang ke markas Borussia Dortmund.
Mereka memperoleh tiga hasil seri dan tiga kekalahan dalam enam lawatan ke rumah sang rival.
Borussia Dortmund 1-3 Real Madrid (Pierre-Emerick Aubameyang 54'; Gareth Bale 18', Cristiano Ronaldo 50', 79')
Borussia Dortmund: 38-Roman Burki, 26-Lukasz Piszczek, 25-Sokratis Papastathopoulos, 36-Omar Toprak, 15-Jeremy Toljan (Mahmoud Dahoud 60'), 8-Nuri Sahin (Julian Weigl 60'), 27-Gonzalo Castro, 10-Mario Goetze (Christian Pulisic 76'), 17-Pierre Emerick-Aubameyang, 20-Maximilian Philipp
Pelatih: Peter Bosz