Dia melewatkan kemenangan 4-0 Piala Prancis PSG melawan Vannes pada hari Senin.
Klub tidak mengatakan apakah Messi akan tersedia untuk pertandingan Ligue 1 pertama mereka sejak liburan musim dingin, di Lyon pada hari Minggu.
"Tes yang dilakukan oleh Leo Messi negatif untuk Covid-19. Dia telah tiba di Paris dan dia akan melanjutkan dengan grup dalam beberapa hari mendatang," kata PSG dalam sebuah pernyataan.
Messi telah mengalami awal yang sulit untuk hidup di ibukota Prancis sejak keluar secara emosional dari Barcelona musim panas lalu.
Dia hanya mencetak satu gol dalam 11 penampilan liga untuk PSG, meskipun dia telah mencetak lima gol di Liga Champions.
Klub asal Paris itu juga mengatakan bahwa full-back Layvin Kurzawa telah dites positif Covid pada Rabu dan dalam isolasi diri.
Kiper Gianluigi Donnarumma, bek Juan Bernat, kiper cadangan Sergio Rico, gelandang Danilo Pereira dan remaja Nathan Bitumazala semuanya juga sempat dinyatakan positif Covid.