Pada awal babak kedua Persija Jakarta memasukan dua tenaga baru.
Rizky Cawor dan Wahyu Ramadhani dimasukan untuk mengganti Firza Andika dan Taufik Hidayat.
Dua pemain anyar kembali dimasukan Persija Jakarta pada emnit ke-57.
Doni Tri Pamungkas digantikan oleh Braif Fatari.
Kemudian Riko Simanjuntak ditugaskan mengisi posisi Rio Fahmi.
Pergantian pemain yang dilakukan sejatinya membuat permainan Persija Jakarta semakin membaik.
Namun Persija Jakarta masih kesulitan untuk mencetak gol.
Madura United yang justru menggandakan keunggulan pada menit ke-79.
Berawal dari sepakan pojok, bola yang datang langsung disambar oleh Cleberson dengan tendangan kaki kirinya.
Bola kemudian meluncur deras ke gawang Persija Jakarta tanpa bisa dihadang oleh Risky Sudirman.
Gol dari Frengky pada menit ke-89 memperkecil ketertinggalan Persija Jakarta menjadi 1-2.
Skor tersebut bertahan hingga laga disudahi.
Madura United memenangkan pertandingan dengan skor 2-1.
Sementara itu hasil ini membuat Persija Jakarta mengakhiri Piala Presiden 2022 dengan menjadi juru kunci Grup B setelah gagal meraih satu poin pun.