Setelah itu, ia maju dan dipercaya menjadi Ketua Umum PSSI periode 2015-2016.
Saat ia menjabat, sepak bola Indonesia naik peringkat di FIFA rangking, dari yang awalnya 172 menjadi urutan 156.
Tak hanya itu, untuk pertama kalinya, PSSI lulus FIFA Performance pada Desember 2013.
Lalu, mendapat bantuan FIFA Goal Project di tahun 2014.
Sebagai Ketua Badan Timnas saat itu, La Nyalla juga turut berperan dalam kemenangan Timnas Indonesia U-19 di Piala AFF 2013 setelah mengalahkan Vietnam di Stadion Gelora Delta, Sidoarjo, Jawa Timur.
Di tahun yang sama, Timnas Indonesia berhasil membawa pulang medali perak SEA Games XXVII/2013 dari Myanmar.
Namun di eranya, PSSI bisa dibilang juga mendapat banyak sorotan dan cobaan.
PSSI kala itu dibekukan oleh Pemerintah melalui Menteri Pemuda dan Olahraga saat itu, Imam Nachrawi.
Kala itu, sehari sebelum kongres PSSI berlangsung, Menpora membekukan PSSI.
Alhasil, kepimimpinan La Nyalla Mattalitti tak diakui oleh pemerintah.
Pada akhirnya, La Nyalla diminta mundur melalui Kongres Luar Biasa PSSI 2016.
Janjikan Rp1 Milyar
Baca juga: KLB PSSI Digelar Besok di Hotel Shangri-La Jakarta, Begini Mekanisme dan Daftar Voters
Guna merealisasikan pembinaan di daerah, La Nyalla berjanji akan memberikan subsidi atau bantuan kepada Asprov PSSI sebesar Rp 1 Miliar per tahun.
“Ya saya hanya menjabarkan program kerja saya, saya hanya tunjukkan tujuh langkah yang saya sampaikan tadi, seperti itu," ungkap La Nyalla.