Sebanyak 18 tim pemenang grup dan runner-up grup akan melaju ke babak ketiga.
Di putaran Ketiga, 18 tim yang lolos dari babak kedua akan dibagi menjadi tiga grup yang terdiri dari enam tim untuk memainkan pertandingan round-robin kandang dan tandang.
Dua tim teratas setiap grup akan lolos ke Piala Dunia, sedangkan tim peringkat ketiga dan keempat setiap grup akan melaju ke babak keempat.
Babak keempat, ada 6 tim yang lolos dari babak ketiga akan dibagi menjadi dua grup yang masing-masing terdiri dari tiga tim untuk memainkan satu babak round-robin. Pemenangnya akan lolos ke Piala Dunia.
Putaran Kelima, Runner-up grup babak keempat akan bertanding dalam pertandingan play-off dua leg untuk menentukan perwakilan Asia di play-off zona antar-konfederasi.
Shin Tae-yong membolehkan Marselino untuk menjalani lanjutan proses pemulihan di Jakarta.
"Dia masih cedera, jadi untuk jaga kondisi pemain yang bersangkutan, saya tidak membawanya," ungkapnya.
Namun dua pemain lainnya, yakni Edo Febriansyah dan striker Rafael Struick tetap dibawa karena cederanya lebih ringan dan amat mungkin bisa dimainkan pada laga kedua.
Dengan absennya Marselino, otomatis hanya 25 pemain yang tersisa. Meskipun demikian, pelatih asal Korea Selatan itu tetap optimismis Indonesia akan kembali menang melawan Brunei.
“Brunei menunjukkan upaya yang hebat pada laga pertamanya di SUGBK, Indonesia. Tetapi sejujurnya dalam kenyataannya kami punya tim yang lebih baik dari Brunei".
"Saya berharap Brunei dapat menunjukkan upaya yang lebih baik lagi di laga kedua dengan begitu, kami juga akan menyesuaikan permainan mereka dengan bermain lebih baik lagi dan bekerja lebih keras lagi,” katanya.
Fachruddin Aryanto menyampaikan harapannya bisa lolos ke putaran berikutnya.
“Harapan saya sebagai pemain, kita punya tujuan disini bahwa kita ingin memastikan diri lolos ke putaran berikutnya,” tuturnya.
Timnas Indonesia berpeluang besar lolos ke putaran kedua. Jika lolos, Indonesia akan masuk Grup F bersama Irak, Vietnam dan Filipina.