Kemudian, pada awal 2015 Gunawan Dwi Cahyo pindah ke Persija Jakarta.
Meski berada di klub besar, Gunawan Dwi Cahyo tak sanggup menunjukkan perbaikan karier.
Selama empat musim membela Macan Kemayoran, Gunawan Dwi Cahyo hanya menjadi bek cadangan yang tampil ketika palang pintu utama berhalangan main atau ketika timnya jumpa lawan mudah.
Total, Gunawan bermain sebanyak 53 kali dan mencetak lima gol bersama Persija Jakarta dan sempat merasakan gelar juara Liga 1 2018.
Demi revitalisasi karier, Gunawan Dwi Cahyo pun pindah ke Bali United pada awal musim Liga 1 2019.
Musim perdananya di klub berjuluk Serdadu Tridatu, Gunawan mencatatkan 15 penampilan.
Ia pun sukses membantu Bali United juara Liga 1 2019.
Itu merupakan gelar kedua Liga 1 yang diraih Gunawan dengan membela klub berbeda.
Petaka mulai menghampiri Gunawan di musim kedua dan ketiganya.
Gunawan mengalami cedera parah sehingga minim bermain. Semisal pun tampil, bek berpostur 1,82 meter ini kalah saing dengan pemain lainnya.
Sebut saja Leonardo Tupamahu dan legiun asing, William Pacheco.
Meskipun demikian, Gunawan kembali mencicipi juara bersama Bali United di Liga 1 2021.
Gunawan merasakan manisnya juara Liga 1 2021 tanpa sekalipun bermain karena pemulihan cedera.
Akhirnya Gunawan meninggalkan Bali United di penghujung musim Liga 1 2022.