Sebagai bandara terbaru yang luas areanya besar, YIA memiliki dua terminal kargo. Terminal kargo yaitu domestik dan internasional memiliki luas 3.546 meter persegi dan daya tampung hingga 390 ton untuk kargo domestik.

Sementara untuk terminal kargo internasional memiliki luas 2.304 meter persegi dengan daya tampung 250 ton untuk kargo internasional.

Hingga saat ini, YIA telah melayani clearance bea dan cukai untuk komoditi ekspor kargo ke beberapa negara seperti Korea Selatan, Jepang, Australia (Melbourne dan Sydney), Taiwan, Hongkong, Thailand, dan Singapura.

Beberapa ekspor kargo yang sudah dilakukan di YIA di antaranya adalah sarung tangan, bahan kulit, kain rajut, kulit domba, biji vanili, ikan segar, kumbang, cat, dan salak segar.

Dengan kapasitas terminal kargo yang besar, YIA dapat berkontribusi untuk mendukung pertumbuhan arus kargo melalui ekspor dan impor. Yogyakarta memiliki potensi komoditas ekspor berupa pertanian pangan, sayuran, buah-buahan; juga komoditas perkebunan, peternakan, perikanan, dan industri.

Saat ini rata-rata per hari kargo yang telah dilayani melalui YIA adalah 30,32 ton untuk domestik, dan 0,53 ton per hari untuk kargo internasional. Pada 2020 lalu, YIA melayani trafik kargo sebesar 6.571.102 kg. Sejak Januari hingga Februari 2021, YIA telah melayani 1.505.477 kg barang kargo.

"Kami optimis dengan peluang pertumbuhan kargo di YIA ke depan. Yogyakarta memiliki banyak pelaku usaha eksportir yang dapat bekerja sama untuk memanfaatkan fasilitas kargo melalui Bandara Internasional Yogyakarta," ujar Faik Fahmi.