Tahun 2002 juga, dia memulai studi Bahasa Arab Klasik pada Dar Comboni Institute di atas pulau Zamalek, Kairo, Mesir, dan menyelesaikannya dengan gelar Licensiat pada tahun 2005 pada Institut Kepausan untuk Studi Bahasa Arab dan Islamologi (Pontifical Institute for Arabic and Islamic Studies, PISAI) di Roma, Italia.

Setelah menyelesaikan studi di Roma, Pastor Markus kembali berbakti di kota Wina, Austria, dan mendapat kepercayaan dari Kardinal Christoph Schönborn untuk memajukan dialog antara umat Katolik dan umat Islam di kota Wina, sekaligus menjadi Pastor Pembantu di Paroki SVD di Alxingergasse di Distrik X kota WIna. 

Tahun 2006 Kardinal Schönborn mengangkat Pastor Markus menjadi Rektor Institut Internasional Asia-Afrika di kota Wina. 

Baru beberapa bulan berkarya, dia mendapat panggilan dari Takhta Suci Vatikan untuk menjadi staf Penasehat pada Dewan Kepausan untuk Dialog Antar Umat Beragama di Vatikan.

Baca juga: Cerita Momen Pertemuan Megawati dan Paus Fransiskus Selama 15 Menit di Vatikan

Pada Juli 2007, Pastor Markus resmi bergabung dengan Dewan Kepausan ini dan menangani Desk Dialog Katolik-Islam di Asia dan Pasifik. Sejak tahun 2015, Pastor Markus yang adalah orang Indonesia pertama di Kuria Tahta Suci Vatikan ini, selain menangani Desk Islam di Asia dan Pasifik, juga dipercayakan sebuah tugas lain, yakni sebagai Wakil Presiden Yayasan Nostra Aetate yang bertugas untuk memajukan Pendidikan Perdamaian dan Pembentukan Duta-duta Perdamaian dari berbagai agama non-Kristiani bertempat di kota Roma dan Vatikan.

Di luar dari tugas-tugas Dialog keagamaan ini, Pastor Markus yang memiliki hobby di bagian Musik dan sport ini juga sejak tahun 2015 adalah seorang Cerimonial liturgi dari Paus Fransiskus di Vatikan.