Dikutip dari putusan MA nomor 133 PK/Pid/2011, diketahui Pollycarpus ikut terbang bersama Munir menumpangi pesawat Garuda dengan nomor penerbangan GA-974 dari Jakarta.

Ia berada di dalam pesawat bukan sebagai pilot, melainkan sebagai kru tambahan penerbangan untuk tugas Aviation Security, dengan modal surat palsu.

Dalam penerbangan tersebut, ia menabur racun ke minuman untuk Munir.

Kenapa Pollycarpus tega membunuh Munir yang sebelumnya tidak pernah punya urusan dengan aktivis HAM tersebut?

Dalam putusan MA tersebut dituliskan bahwa sang pilot yang kerap melakukan aksi-aksi untuk menegakan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) merasa terganggu dengan aktivitas munir.

"Bahwa terdakwa Pollycarpus Budihari Priyanto yang sejak tahun 1999 telah melakukan berbagai kegiatan dengan dalih untuk menegakan Negara Kesatuan Republik Indonesia," tulis dalam putusan tersebut

"Melihat Munir sebagai ketua Dewan Pengurus Kontras dan Direktur eksekutif Imparsial yang sering mengidentifikasikan dirinya penggerak dan pelopor pembangunan demokrasi, membela Hak Asasi Manusia dan tidak jarang bahkan terbiasa mengkritisi program pemerintah," lanjut putusan tersebut.

"Melakukan kritik sosial, komentar, tanggapan yang bernada negatif serta kegiatan lainnya, yang dinilai oleh terdakwa maupun pihak tertentu telah sangat mengganggu dan menjadi halangan atau kendala bagi terlaksananya program pemerintah, mengakibatkan adanya pihak, termasuk terdakwa sendiri yang tidak dapat menerimanya." 

Siapa pihak tertentu yang dimaksud dalam putusan tersebut, siapa yang mendukung aksi Pollycarpus, dan kenapa Munir harus dibunuh dalam penerbangan menuju Amsterdam, sampai saat ini belum ada putusan pengadilan yang menjelaskan hal tersebut.