Saat menjadi wakil panglima TKR, Nasution terlibat dalam berbagai pertempuran lainnya termasuk pada Peristiwa Pemberontakan Madiun yang didalangi oleh PKI pada September 1948.

Tiga bulan kemudian tepatnya pada 19 Desember 1948, Belanda melakukan agresi militernya ke ibukota Indonesia di Jogjakarta.

Ia bersama para pasukan TKR mundur ke pedesaan dan melakukan perang gerilya terhadap Belanda.

Nasution juga pernah menjabat sebagai Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) pada tahun 1950.

Namun pada 17 Oktober 1952 Nasution dan TB Simatupang mengarahkan moncong meriam pasukannya ke Istana Kepresidenan Indonesia, memprotes campur tangan sipil di tubuh angkatan bersenjata.

Aksinya ini membuat Nasution kehilangan jabatannya dan ikatan dinas ketentaraan.

Ketika kehilangan jabatannya di angkatan bersenjata, Nasution kemudian menulis sebuah buku yang ia beri judul 'Pokok-Pokok Gerilja' atau dalam bahasa Inggrisnya 'Fundamentals of Guerilla Warfare.'

Buku ini ia tulis berdasarkan pengalamannya saat berperang dengan taktik gerilya melawan Belanda.

Tak disangka, ternyata buku yang ditulis Nasution pada tahun 1953 ini berdampak amat luas dalam taktik militer pada negara-negara lainnya.

Salah satunya seorang jenderal terkenal Vietnam, Vo Nguyen Giap yang menggunakan buku ini sebagai acuan untuk menghancurkan Prancis dan Amerika Serikat yang pernah bercokol di negaranya.

Sejak saat itu buku ini menjadi terkenal dan banyak negara di dunia yang mencontek taktik perang gerilya karangan Nasution.

Bahkan di West Point (Akademi Militer Amerika Serikat) buku Pokok-Pokok Gerilya menjadi pegangan wajib bagi para taruna-taruninya dalam mempelajari peperangan intensitas rendah ini.