Lulus dari UII sebagai sarjana hukum pada 1983, Mahfud MD kemudian menjadi dosen di almamaternya dengan status Pegawai Negeri Sipil (PNS). Selama menjadi dosen, Mahfud MD juga melanjutkan studinya di Program Pasca Sarjana UGM untuk belajar Ilmu Politik pada tahun 1985.

Jurusan Ilmu Politik dipilih Mahfud MD lantaran ia kecewa dengan kondisi hukum yang ada saat itu.  Ia menilai hukum yang ada saat itu selalu kalah dengan kebijakan-kebijakan politik.

Setelah lulus dari Program Pasca Sarjana UGM pada 1989, Mahfud MD kembali melanjutkan studinya di Pendidikan Doktor mengambil jurusan Ilmu Hukum Tata Negara di UGM. Ia lulus dari situ pada tahun 1993 setelah menyelesaikan disertasinya tentang Politik Hukum.

Disertasi ini cukup fenomenal, menjadi bacaan polol do program pasca sarjana bidang ketatanegaraan di berbagai perguruan tinggi. Dimana Mahfud MD menyusunnya dengan mengkombinasikan dua bidang ilmu, yakni hukum dan politik.

Mahfud MD meraih gelar guru besar dalam waktu yang sangat singkat. Ia hanya membutuhkan waktu sekitar 12 tahun sejak awal menjadi dosen untuk dapat meraih gelar kehormatan itu. Saat menerima gelar guru besar pada tahun 2000, usianya juga masih sangat muda, yakni saat ia masih berusia 41 tahun.

Karier Mahfud MD di bidang politik juga cukup mencengangkan, dimana ia pernah menjajal semua cabang pemerintahan mulai dari eksekutif, legislatif, sampai yudikatif.

Tahun 1999-2000, Mahfud MD didaulat menjadi Pelaksana Tugas Staf Ahli Menteri Negara Urusan HAM (Eselon I B). Pada tahun 2000, ia kembali diangkat pada jabatan Eselon I A sebagai Deputi Menteri negara Urusan HAM yang membidangi produk legislasi urusan HAM.

Tak sampai di situ, kariernya juga semakin naik ketika ia didaulat sebagai Menteri Pertahanan di Kabinet Persatuan Nasional masa Presiden Abdurrahman Wahid tahun 2000 sampai 2001.

Pada 29 Juli 2001, ia juga sempat merangkap sebagai Menteri Kehakiman dan HAM menggantikan Yusril Ihza Mahendra. Namun jabatan itu tidak berselang lama, sebab pada 23 Juli 2001 Abdurrahman Wahid lengser dari kursi kepresidenan.

Di ranah legislatif, karier Mahfud MD juga bisa dikatakan moncer. Dikutip dari nasional.kompas.com, setelah menjadi menteri Mahfud MD mulai bergelut di ranah legislatif.

Mahfud MD sempat bergabung dengan Partai Amanat Nasional (PAN) dan memegang amanah sebagai Ketua Departemen Hukum dan Keadilan DPP PAN. Namun tidak lama ia kemudian keluar dan meneruskan kariernya di dunia akademik.

Mahfud MD kembali terjun ke dunia politik ketika ia bergabung dengan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Tidak butuh waktu lama, Mahfud langsung diamanahi sebagai Wakil Ketua Umum Dewan Tanfidz PKB pada 2002 sampai 2005.

Di tengah kesibukannya di dunia politik, Mahfud sempat diminta menjadi Rektor Universitas Islam Kadiri (Uniska) untuk periode 2003-2006. Namun tidak lama ia mengundurkan diri karena khawatir tidak bisa menjalankan amanah dengan optimal.

Pada Pemilu Legislatif 2004, Mahfud maju sebagai anggota DPR RI dari PKB. Ia terpilih sebagai anggota DPR RI periode 2004-2008 untuk fraksi PKB di Komisi III.