Sosok pemikir yang gigih tersebut, selain dikenal sebagai akademisi, Bahtiar Effendy juga aktif menulis di berbagai media massa.

Adapun karya Bahtiar Effendy tentang Islam dan politik tersebar antara lain:

1. Merambah Jalan Baru Islam: Rekontruksi Pemikiran Islam Indonesia Masa Orde Baru” yang ditulis Prof. Bahtiar Effendy bersama mentornya, Prof. Fachly Ali, diterbitkan Mizan (1986)

Buku ini sering menjadi rujukan bagi para peminat studi Islam

2. Buku bertema HAM, Hak Azasi Manusia dalam Islam” yang diterbitkan Yayasan Obor Indonesia, bersama H. Nasution (1987)

3. The Nine Stars and Politics: A Study of The Nahdlatul Ulama’s Acceptance of Asas Tunggal and its Withdrawal from Politics (1988)

4. Islam and the State: Transformation of Islam Political Ideas and Practices in Indonesia (1994)

5. Islam dan Negara: Transformasi Pemikiran dan Praktik Politik Islam di Indonesia” yang diterbitkan Paramadina (1998)

6. Repolitisasi Islam, Benarkah Islam Kembali Berpolitik? diterbitkan Mizan (2000)

7. Teologi Baru Politik Islam: Pertautan Agama, Negara, dan Demokrasi” dan Masyarakat Agama dan Pluralisme Keagamaan: Perbincangan Mengenai Islam, Masyarakat Madani, dan Etos Kewirausahaan” (2001)

8. Ensiklopedi Tematis: Dunia Islam diterbitkan Ichtiar Baru Van Hoeve (2002)

9. Islam and the State in Indonesia diterbitkan Institute of Southeast Asian Studies menerbitkan buku karya Prof. Bahtiar Effendy (2003)

10. Jalan Tengah Politik Islam: Kaitan Islam, Demokrasi, dan Negara yang Tidak Mudah” diterbitkan Ushul Press pada 2005

11. Insight: Essays on Islam and Public Affairs (2017).