Dari pernikahan ini Munarman dikaruniai tiga anak yaitu Rio Mohammad Alfarez, Rinaldo Mohammad Montazeri dan yang terakhir lahir pada bulan September 2008.

Munarman dan keluarganya hidup terpisah dengan pertemuan teratur pada akhir pekan hingga kepindahannya ke Jakarta pada tahun 2000, sebelumnya keluarganya tinggal bersama keluarga Munarman di Palembang.

Keluarganya kemudian ikut pindah ke Jakarta saat anak-anaknya mulai masuk TK.

Karir

Karier Munarman dimulai saat ia bergabung dengan Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) di Palembang sebagai sukarelawan pada tahun 1995, kemudian dipromosikan sebagai Kepala Operasional organisasi yang sama pada tahun 1997.

Kemudian ia beralih menjadi Koordinator Kontras Aceh pada tahun 1999-2000 dan tinggal disana.

Karier ini berlanjut hingga ia menduduki posisi Koordinator Badan Pekerja Kontras dimana ia kemudia berelokasi ke Jakarta dari Aceh.

Pada bulan September 2002, Munarman terpilih sebagai Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama sembilan bulan.

Dari keterangan beberapa teman, Minat Munarman pada gerakan Islam bermula saat ia menjadi anggota Tim Pengacara Abu Bakar Ba'asyir tahun 2002. 

Selepas tidak mendampingi Ba'asyir, Munarman mulai dekat dengan Hizbut Tahrir Indonesia (HTI).

Dari HTI, Munarman mulai mengenal sejumlah tokoh, termasuk Ketua FPI Habib Rizieq Shihab.

Dia lantas mendirikan An Nashr Institute.