Kariernya di TNI AL semakin berkembang setelah ia a ditugaskan menjadi Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364 dan Palaksa KRI Fatahillah 361.

Pada 2004-2008, Yudo kemudian dipercaya untuk menjadi Komandan Lanal Tual.

Selanjutnya pada 2008-2010, Yudo kembali diamanahi untuk menjadi Komandan Lanal Sorong.

Yudo pun kembali mendapatkan tugas besar untuk menjadi Komandan Satkat Koarmatim pada 2010-2011.

Baca juga: TB Hasanuddin: Jokowi Ajukan KSAL Laksamana Yudo Margono Jadi Calon Tunggal Panglima TNI

Kemudian pada 2019 Yudo dipercaya menjadi Pangkogabwilhan I.

Nama Yudo semakin dikenal setelah ia berhasil melakukan pengusiran kapal asing di Zona Ekonomi Eksklusif (ZEE) Indonesia di Kepulauan Riau.

Tak hanya itu, Yudo juga berperan dalam pemulangan WNI dari Wuhan, China, hingga memimpin operasi penanganan pasien virus corona di Rumah Sakit Darurat (RSD) Covid-19 Wisma Atlet, Kemayoran, Jakarta.

Atas segala pretasinya di TNI AL, Yudo kemudian diangkat menjadi Kepala Staf Angkatan Laut ke-27 sejak tanggal 20 Mei 2020.

Kini Yudo pun dipercaya Presiden Jokowi untuk menjadi calon Panglima TNI, menggantikan Jenderal Andika Perkasa yang sebentar lagi akan pensiun.

Baca juga: KSAL Yudo Margono Janji Optimalkan Potensi Maritim Indonesia Jika Jadi Panglima TNI

Berikut pendidikan Militer yang pernah ditempuh Yudo Margono:

- AAL (1988)

- Kursus Korbantem (1989)

- Kursus Perencanaan Operasi Amphibi (1990)

- Kursus Pariksa (1992)