Lulus dari TK, ia kemudian melanjutkan pendidikan ke SD IKIP Laboratori II Yogyakarta dan lulus pada 1982.

Anies melanjutkan pendidikannya ke SMP Negeri 5 Yogyakarta sampai 1985.

Dirinya pernah menjadi ketua OSIS se-Indonesia ketika duduk di SMAN 2 Yogyakarta.

Pemilihan ini dilakukan ketika Anies mengikuti pelatihan kepemimpinan di Jakarta pada September 1985.

Anies Baswedan memimpin 300 delegasi SMA se-Indonesia, padahal saat itu ia masih duduk di kelas satu.

Ketika di SMA, Anies Baswedan juga terpilih menjadi peserta program AFS, yaitu program pertukaran pelajar yang diselenggarakan oleh Bina Antarbudaya.

Ia sempat belajar di Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat (AS) selama setahun sejak 1987-1988.

Tamat dari SMA, Anies Baswedan kemudian melanjutkan kuliah di Fakultas Ekonomi (FE) Universitas Gadjah Mada (UGM).

Selama menjadi mahasiswa di FE UGM sejak 1989-1995, jiwa organisator Anies Baswedan makin bertumbuh.

Anies Baswedan aktif di Himpunan Mahasiswa Islam (HMI). Selain itu, ia juga aktif sebagai Ketua Umum Senat Mahasiswa UGM.

Ia juga pernah mendapatkan beasiswa Japan Airlines Foundation untuk mengikuti kuliah musim panas bidang Asian Studies di Universitas Sophia, Tokyo, Jepang.

Lulus dari FE UGM, Anies Baswedan kemudian mendapat beasiswa S2 di University of Maryland, College Park untuk pendidikan Master Bidang International Security and Economic Policy.

Ketika kuliah di University of Maryland, ia sempat mendapatkan penghargaan William P Cole III Fellow, ICH Scholarship, serta ASEAN Student Award.

Pada 2005, Anies Baswedan menjadi peserta Gerald Maryanov Fellow di Departemen Ilmu Politik di Universitas Northern Illinois.