Ia mengawali karier di bidang hukum pada tahun 1986. Saat itu ia dilantik menjadi hakim di Pengadilan Negeri (PN) Kabanjahe.

Beberapa kali Manahan MP Sitompul berpindah tempat kerja di Sumatera Utara sembari menyelesaikan kuliah S2-nya.

Pada tahun 2002, Manahan MP Sitompul kemudian diangkat sebagai Ketua PN Simalungun.

Setahun berselang ia dimutasi menjadi hakim di PN Pontianak sampai tahun 2005.

Pada tahun 2005, Manahan MP Sitompul kembali dipindah dan diangkat menjadi Wakil ketua PN Sragen.

Manahan MP Sitompul terus berpindah-pindah, pada tahun 2007, ia kembali dipindahkan menjadi Ketua PN Cilacap.

Pada tahun 2010, Manahan MP Sitompul kembali dipindah ke Manado, di sana ia diangkat menjadi Hakim Tinggi PT Manado.

Ia juga diminta untuk mengajar di Universitas Negeri Manado (UNIMA) dengan mata kuliah Hukum Administrasi Negara pada program pascasarjana.

Berselang dua tahun, Manahan MP Sitompul dipindahkan ke PT Medan pada tahun 2012.

Setelah dimutasi ke tempat kelahirannya, Manahan MP Sitompul kembali diminta untuk mengajar di Universitas Dharma Agung (UDA) dan Universitas Panca Budi (UNPAB) di program S2 untuk mata kuliah Hukum Kepailitan dan Hukum Ekonomi Pembangunan.

Pada tahun 2013, Manahan MP Sitompul kemudian mengikuti tes calon hakim agung, namun ia gagal di tahap akhir fit and proper test di DPR.

Masih di tahun yang sama, Manahan MP Sitompul kemudian mendapat panggilan dari Mahkamah Agung (MA) untuk melakukan fit and proper test menjadi pimpinan Pengadilan Tinggi di Pangkal Pinang, Bangka Belitung.

Manahan MP Sitompul akhirnya lolos dan membuatnya ditempatkan di Pengadilan Tinggi Pangkal Pinang sebagai wakil ketua pengadilan.

Pada tahun 2015, Manahan MP Sitompul mencoba peruntungan untuk mengikuti seleksi sebagai hakim konstitusi.