Karena kerinduannya terhadap kampung halaman, Syekh Yusuf memutuskan pulang ke Indonesia.

Namun tidak pulang ke Gowa karena Kerajaan Gowa telah dikalahkan Belanda melalui perjanjian Bungaya.

Syekh Yusuf akhirnya menetap di Banten dan menjadi penasihat di Kerajaan Banten di bawah kekuasaan Sultan Ageng Tirtayasa.

Pada 1672, Banten juga tengah gigih melawan Belanda. Syekh Yusuf berada di pihak Sultan Ageng bersama pasukan Makassar.

Karena kekuatan yang tidak sebanding, maka Banten menyerah pada tahun 1682.

Setelah itu, Syekh Yusuf menjalani hidup dalam masa pembuangan. Awalnya ia ditahan di Cirebon dan Batavia.

Namun, pemerintah Belanda masih merasa terancam dengan pengaruhnya sehingga Syekh Yusuf dan keluarga diasingkan ke Srilanka pada September 1684.

Belanda masih tetap merasa terancam karena Syekh Yusuf dapat dengan mudah mempengaruhi pengikutnya untuk memberontak.

Pada Juli 1693, Syekh Yusuf kembali dibuang ke Afrika Selatan bersama dengan 49 pengikutnya.

Di sana, Syekh Yusuf kembali melakukan dakwah. Ia tinggal di Tanjung Harapan hingga wafat pada 23 Mei 1699 dalam usia 73 tahun.

Ia juga mendirikan sebuah komunitas muslim di Cape Town..

Setelah kematiannya, jasad Syekh Yusuf baru dikembalikan ke Indonesia enam tahun kemudian pada 1705.

Keranda yang dibawa dari Cape Town kemudian ditempatkan di Istana Raja Gowa selama sehari semalam untuk memberikan kesempatan kepada sanak keluarga dan penghulu adat mengucapkan doa perpisahan. 

Atas jasanya, Syekh Yusuf mendapat dua penghargaan sebagai pahlawan nasional dari Indonesia pada 9 November 1996 dan dari pemerintah Afrika Selatan pada 23 September 2005.

Baca juga: Kunci Jawaban IPS Kurikulum Merdeka Kelas 7 Halaman 95: Masa Bercocok Tanam